Hay tres áreas de desacuerdo entre el INE y la 4T.
1. El INE argumenta que es un organismo autónomo y la 4T quiere imponer los criterios legales para las remuneraciones de los funcionarios de la Federación que establece que ningún funcionario debe ganar mas que el Presidente de México. El asunto en litigio esta pendiente de resolución
2. Han intentado, sin éxito, cambiar al Presidente del INE para controla este instituto. Mario Delgado coordinador de la fracción mayoritaria de Morena y sus aliados en la cámara de diputados, descartó en definitiva el 8 de Enero de 2020, la iniciativa del diputado de Morena, Sergio Gutiérrez de acortar el periodo de gestión del presidente del INE ya que requeriría un cambio constitucional para el cual ya no hay tiempo. Lorenzo Cordova terminará su periodo legal de gestión que es hasta el 2023
3. Están pendientes la elección de nuevos consejeros del INE que deberán ser electos en la Cámara de Diputados. La principal preocupación es que estos consejeros cumplan con las normas de ley y se siga el proceso legal para evitar acciones que pudieran seleccionar a personas que no cumplan con el perfil y sean proclives a apoyar a Morena y sus aliados
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